Das Zisterzienserkloster wurde 1252 von Bocek von Obrany, einem Zisterziensermönch aus dem Kloster Zelena Hora (Grüner Berg) in Nepomuk bei der Stadt Pilsen, gegründet.

Der Hügel, auf dem die Wallfahrtskirche errichtet wurde, wurde zunächst als Černý les (Schwarzer Wald) bzw. Strmá hora (Steiler Berg) bezeichnet. Später wurde er nach dem Ort, aus dem der heilige Johannes Nepomuk stammte, und von wo aus die ersten Mönche nach Žďár nad Sázavou gekommen waren, in „Zelená hora“ (Grüner Berg) umbenannt. Um die Kirche von Weitem sichtbar zu machen, rodete man den dichten Kiefernwald auf dem Hügel.

Zu seiner größten Blüte gelangte Zelená Hora unter dem Abt Vaclav Vejmluva, der dem Kloster von 1705-1738 vorstand. Er wollte den geschwächten Katholizismus wieder neu beleben und dafür einen Wallfahrtsort für einen Nationalheiligen schaffen, der bis dahin noch keiner war. Er war ein begeisterter Anhänger des Barock und verpflichtete den größten Architekten jener Zeit, Giovanni Santini-Aichel, zur Renovierung des Klosters. Dieser verbindet in der Anlage gekonnt gotische und barocke Stilelemente miteinander. Dadurch entstand ein, in ganz Europa einzigartiger, Baustil, die Barockgotik.
Der Architekt verwendete für den Grundriss der Kapelle einen fünfzackigen Stern. Dieser steht als Symbol für die fünf Sterne, die der Legende nach den Leichnam des Märtyrers Nepomuks umgaben, als dieser aufgefunden wurde. Ebenso wird mehrfach die Ziffer Fünf wiederholt. So verfügt das Gebäude über fünf Eingänge und in jeder der fünf Sternenzacken wurde ein Altar errichtet. Auf dem größten Altar befindet sich, auf der Erdkugel stehend, Nepomuk. Dieser wird von einem fünfsternigen Kranz umgeben und fünf Engeln heben ihn zum Licht empor.

Als man das Grab Nepomuks 1719 öffnete, fiel ein dunkler Fetzen heraus, den die Kirche als die unverweste Zunge Nepomuks deutete, ein eindeutig göttlicher Beweis für seine Heiligkeit. Jetzt strahlt ein Flammenkranz in der hellen Kuppel und in ihrer Mitte befindet sich symbolisch eine riesige Zunge.

Aus der Luft betrachtet sieht die Kapelle übrigens wie eine riesige, nach unten hängende fünfblättrige Blüte aus - ähnlich einem Schneeglöckchen -, aber das kann Santini so wohl nie gesehen haben. Der Kreuzgang um die Kirche hat den Grundriss eines 10-zackigen Sternes und wurde erst im Jahre 1769 fertig gestellt.

Unter der Herrschaft von Joseph II. erfolgten 1784 die Aufhebung des Klosters und seine endgültige Umwandlung zu einem Schloss.

Den Schlosseingang zieren zwei Hirsch-Statuen und die gesamte Anlage strahlt eine vollendete Harmonie zwischen barocken und gotischen Formen aus.